解析：

该条第一款系对《政府采购法》第五十二条及第五十四条的糅合。

该条第二款首次规定，采购人或代理机构有权通过采购文件对质疑提出限制性要求。即当采购文件有要求时，供应商针对同一采购环节的质疑应当一次性提出。所谓采购环节，一般包括采购文件的编制与公告、供应商资格审查、对供应商的打分与评审、政府采购合同的签订与公告等。该条规定，其意图在于提高质疑答复效率，减少采购人及代理机构的负担，避免供应商恶意重复质疑的情形发生。

然而，该条规定在实际执行中尚可能存在一些问题。首先，若供应商违背第二款规定，对同一采购环节分次提出质疑，则在供应商分次提起投诉时，财政部门能否依据本办法第十九条第二款第（一）项、第二十一条第（二）项及第二十九条第（一）项之规定，对其全部投诉不予受理或驳回，还是仅对其第一次提出的质疑和投诉予以实体审查？其次，根据采购文件的规定否定供应商的质疑资格以及其进而获得的投诉资格，是否存在下位法与上位法相抵触的情况？最后，当前缺乏关于采购程序、采购环节的直接规范依据，易导致确定是否同一采购程序环节的标准不统一。要解决这些问题，仍有待进一步明确该条规定的内容。

解析：

该条第一款系对《政府采购法》第五十一条的细化与完善。政府采购质疑与投诉，主要是为了让参与政府采购活动的供应商有相关救济渠道，而不是为任何供应商提供举报政府采购违法行为的途径。因此，应限制有权提出质疑及进而提出投诉的供应商的范围。一般而言，公告采购文件的，任何供应商对采购文件的内容都有权质疑；采购文件未公告的部分，只有购买了采购文件的供应商才有权质疑；对采购过程及中标、成交结果提出质疑的，只有递交响应文件的供应商才有资格。

该条第二款系对《政府采购法》第五十二条及《政府采购法实施条例》（以下简称《条例》）第五十三条第（一）项的糅合。

解析：

该条首次对政府采购供应商提出质疑时的函件格式及内容作了规范与要求，有利于供应商有效提出质疑及采购人、代理机构有效答复质疑。

解析：

该条系对《政府采购法》第五十三条的完善，并明确提出采购人、代理机构无权拒收供应商的质疑函。结合本办法第三十六条第（一）项的规定，采购人、代理机构拒收供应商合法质疑函的，将面临行政处罚，且直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能面临行政处分。

解析：

该条第一次从规章层面规定了采购人、代理机构在对质疑予以答复时可采取的协助措施，即可组织原评审委员会等协助其进行答复。

关于质疑答复的协助举措，此前，《政府采购法》及其实施条例中并无相关规定，仅在《财政部关于进一步规范政府采购评审工作有关问题的通知》（财库〔2012〕69号）最后一部分明确，“参与政府采购活动的供应商对评审过程或者结果提出质疑的，采购人或采购代理机构可以组织原评审委员会协助处理质疑事项，并依据评审委员会出具的意见进行答复”。本条规定系对前述内容的完善，并将评审委员会在质疑答复中的作用明确定位为对采购人或代理机构的协助，而非实际作出决定性意见的组织。

解析：

该条首次对质疑答复的格式及内容作出规范与要求，有利于在全国范围内实现质疑答复形式的统一，亦有利于后续投诉的受理与处理。

解析：

该条首次对质疑答复的类型和方式进行了明确，与投诉处理的类型和方式存在一定的类似性。

与本办法关于投诉处理规定的变化一样，在质疑答复中，第一次明确引入了“顺序中标”概念。即若因中标、成交供应商自身的问题导致中标无效的话，为提高政府采购效率、避免程序空转，可以在其他合格供应商中按照评审或打分排序另行确定中标、成交供应商，而无需彻底推翻已完成的整个采购活动，重新再走一遍采购流程。

当然，由于是首次规定，本条在内容上尚有可完善之处。如《条例》第七十一条关于顺序中标有着比较严格的适用条件，即中标供应商拒绝签订政府采购合同时，才可从合格的中标或者成交候选人中另行确定中标或者成交供应商；没有合格的中标或者成交候选人的，重新开展政府采购活动。此前，实务中也存在质疑投诉成立后，原中标供应商中标结果无效、按照顺序另行确定中标人的做法，但该做法缺乏法律依据，《政府采购法》《条例》等法律法规中均无此规定。94号令将这一做法上升为规章，不过，在某些特定情形中，是否会与上位法相抵触？又如，94号令未规定，若被质疑的是采购过程中具有共性的、对所有供应商都产生影响的违法问题，则是否仍可采取“顺序中标”的原则确定中标或者成交供应商？此时，是否重新开展采购活动才更为妥当？这些仍有待进一步明确。